Örtliche Herren waren im Mittelalter die Moser, die in einer Burg am damaligen Seeufer wohnten. Diese war von einem Wassergraben umgeben und bildete den Sitz der Ritter von Seedorf. In diesem Zusammenhang wird Moosseedorf 1242 erstmals erwähnt. Die Grafen von Kyburg schlichten mit Einverständnis des zuständigen Bischofs von Konstanz den Streit zwischen dem Cluniacenser-Kloster auf der Petersinsel und dem Ritter Ulrich Moser dahin, dass das Patronatsrecht über die Kirche von Moosseedorf beim Ritter verbleibe, dass er aber den Besitz in Galmiz an das Kloster abtreten müsse. 1256/1257 verkauften die Moser gegen eine Art grosszügige Altersrente ihren Besitz und ihre Rechte einschliesslich der Kirche an die Johanniter von Münchenbuchsee.
Die Ruine der Burg der Moser ist im Plan A. Rüdiger von 1721 noch eingezeichnet. Wie dies auch andernorts üblich war, wurden die Mauersteine für den Bau von Häuser verwendet. Die letzten Steine für den Bau der Metzgerei an der Sandstrasse.
In blau drei erniedrigte silberne Wellenbalken, auf dem obersten ein goldenes Boot mit rechtsschräg gestelltem goldenem Ruder. Die Ritter von Moosseedorf führten das Wappen schon um 1250. Als Gemeindewappen eingeführt 1916.