In der Jungsteinzeit wurde der Wald allmählich dichter, was den Menschen ermöglichte, Wald zu roden für die Anlage von Pflanzungen und mit dem geschlagenen Holz an beiden See-Enden Pfahlbauten zu errichten. Das aus alten Grabungen stammende Fundmaterial zeigt, dass am Moossee sowohl jung- als auch endneolithische Siedlungen (3000 - 4000 v.Chr.) vorliegen.
Die Oststation des Moossees wurde 1856 in Zusammenhang mit der künstlichen Absenkung des Gewässers um 2.40 m entdeckt. Die ersten Ausgrabungen führte J. Uhlmann bis 1868 durch. Er stellte eine bis zu 90 cm mächtige Kulturschicht unter Torf fest. Seine Skizzen erlauben aber weder die Lage noch die Ausdehnung der Siedlungsreste festzustellen. Andere Quellen von einem stattlichen Pfahlwerk von 23 m Länge und 16 m Breite. Die Enden der ganz weichen Pfähle ragten 30 cm aus dem trockenen Boden hervor. In den 1960er Jahren sondierte das Bernische Historische Museum an mehreren Stellen südöstlich des Strandbades. Der Erhaltungszustand der Fundstelle ist nicht im ganzen Umfang sicher zu bestimmen. Im See befindliche Pfähle und allenfalls dazugehörende Fundschichten konnten bislang noch nicht untersucht werden. Aufgrund der gefundenen Keramik gehört die sehr viel umfangreichere Oststation in die Zeit der Cortaillod-Kultur (Erste Hälfte 4. Jh. v.Chr.).
Die Weststation wurde 1856, kurz nach Endeckung der Oststation gefunden. In den folgenden Jahren führte J. Uhlmann verschiedene Ausgrabungen durch, die er aber nur spärlich publizierte. In den Jahren 1922 und 1924 kam es zu umfangreichen Geländeaktivitäten des Bernischen Historischen Museums, das auf beiden Seiten des Urtenenkanals grössere Flächen öffnete. Der Erhaltungszustand der Fundstelle ist zum gegenwärtigen Zeitpunkt völlig unbekannt, da seit 1924 keine archäologischen Untersuchungen stattgefunden haben. Ein Teil des Siedlungsareals befindet sich heute unter dem Campingplatz. Ingesamt besteht die Gefahr der Austrocknung der Fundschichten, da in den letzten Jahrzehnten der Grundwasserspiegel markant gesunken ist.
Die Fundstellen am Moossee erlangten Mitte des 20. Jahrhunderts durch die Schrift des Schweizerischen Jugendwerks «Die Pfahlbauer am Moossee» eine enorme Popularität und trugen wesentlich zum Pfahlbaumythos bei. Aus heutiger Sicht bergen sie aufgrund ihrer geografischen Lage abseits der grossen Seen ein bedeutendes wissenschaftliches Potential.
Profilskizze und Aquarell von J. Uhlmann 19. Jahrhundert. Das Original befindet sich im historischen Museum Bern.
Quelle: Inventar der Schweizerischen Seeufersiedlungen