Starke Niederschläge führten am Moossee früher wie heute zu Überschwemmungen im angrenzenden Gebiet. Die Schwelle in Schönbrunnen liegt zwischen Moosseetal/Urtenenbach und Lyssbach auf 528 m Höhe. Ausser der Moospinte liegen alle vor etwa 1850 erstellten Dorfteile höher. Um die Wasserkraft nutzen zu können, war der Bach in Urtenen auf 523 m gestaut. Ferner gab es seit alter Zeit in Schönbühl einen natürlichen Hochwasser-Überlauf auf 525 m. Der Spiegel des Sees liegt heute bei 521 m.
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Im 18. Jahrhundert führte der zunehmende Mangel an Brennholz dazu, dass der Rat von Bern sich in Holland erkundigen liess, ob mit Torf gefeuert werden könnte. Bejahende Auskünfte und die von einem Bäcker durchgeführte Demonstration überzeugten, so dass ab 1777 mit dem Graben begonnen wurde. Um 1795 wurden aus dem Münchenbuchseemoos jährlich etwa 6000 Fuder zu gut 2 m3, vor allem für die obrigkeitliche Feuerung, nach Bern geführt.
Die massiven Torfgrabungen führten dazu, dass man dabei rasch ins Grundwasser kam. Damit war der Anstoss für die Absenkung des Moossees gegeben. Damals war der Urtenenbach im Dorf Urtenen auf die Kote 523 m gestaut, damit die dortige Säge und Oele angetrieben werden konnten. Der Landvogt Karl Ludwig von Erlach in Landshut erwirkte vom Rat eine Subvention und verlegte die Säge nach Hindelbank und die Oele nach Jegenstorf. Die interessierten Gemeinden bezahlten ebenfalls einen Beitrag und senkten den Urtenenbach so ab, dass der Seespiegel um 2,35 m tiefer zu liegen kam. Die damit einher gehende Entsumpfung ermöglichte die weitere Torfausbeutung und die Nutzung von zusätzlichem Land für landwirtschaftliche Zwecke.
Verschiedene Hochwasserstände - im Sommer 1851 stand die Moospinte 3 Fuss im Wasser- und mangelhafter Abfluss des Grundwassers führten aber zu einer zunehmenden Wiederversumpfung. Ende 1853 wurde eine Vorbereitungsgesellschaft als AG gegründet. Im Februar 1856 genehmigte der Grosse Rat die Ausführung, welche den See um weitere 2,4 m absenken sollte. Schwierigkeiten ergaben sich durch abrutschende Böschungen des Kanals zwischen dem See und Urtenen - noch um 1980 musste der Zivilschutz die Bachsohle wieder reinigen - und durch Abrutschen der Lysstrasse am oberen Ende des Sees.
Die Arbeiten waren Ende 1857 im Wesentlichen beendet. 1865 konnte die Gesellschaft nach abgeschlossener Rechnung aufgelöst und der Unterhalt des Werks einer Schwellengenossenschaft (heute Wasserbauverband Urtenenbach) übertragen werden.
Laut Lehrer Otto Jäggi führte diese Entsumpfung zu einer deutlichen Tieferlegung und Verkleinerung des Seespiegels. In der Folge entdeckte 1856 der Arzt Dr. Uhlmann aus Münchenbuchsee die Reste der Pfahlbauten an den beiden Enden des Sees.
Der ungenügende Abfluss des Grundwassers und die Absenkung der Oberfläche des Landes um etwa 2 m durch den weiterhin betriebenen Torfabbau führte dazu, dass das Gebiet wieder versumpfte. Regierung und Grosser Rat bewilligten eine weitere Melioration erst nach Ende des ersten Weltkrieges. Im Gegensatz zu den beiden früheren Meliorationen wurde diesmal neu eine geringe Tieferlegung des Seespiegels um 1 m vorgesehen, weil Geländebewegungen auf dem Seekreide-Untergrund befürchtet wurden.
Hauptmassnahmen waren die Drainage des Gebiets und die Verbesserung der Abflussverhältnisse. Damit die in Röhren gefassten zufliessenden Bäche und Drainageleitungen genügend Gefälle erhalten konnten, musste der offene Hauptkanal oberhalb des kleinen Sees sehr flach angelegt werden. Unterhalb des grossen Sees wurde die Kanalsohle um etwa 1 m abgesenkt und das Gefälle auf 1 %o ausgeglichen. Zu diesem Zweck musste die Wasserkraft der Mühle Urtenen (10 - 12 PS) ausgekauft werden. Ferner wurde am Ausfluss des Sees ein Wehr gebaut, damit in trockenen Zeiten der Grundwasserspiegel gehalten und bei Hochwasser Überschwemmungen in talwärts gelegenen Gebieten vermieden werden konnten. Für die Ausführung der Arbeiten wurden neben Einheimischen auch französische, belgische und serbische Militärinternierte eingesetzt.
Geht man davon aus, dass der Seespiegel vor den verschiedenen Tieferlegungen etwa 1 m höher als die Schwelle in Urtenen, also bei etwa 524 m und damit 3 m höher als heute lag, dann war der See damals doch deutlich grösser als in unserer Zeit. Auch lässt sich aus der damaligen Stauhöhe in Urtenen von 523 m und der Überlaufhöhe bei Schönbühl von 525 m erahnen, dass die Schwankungen der Höhe des Seespiegels gut 2 m betragen haben müssen, während sie heute kaum mehr als 1 m erreichen. Die systematische Neu-Drainierung erfolgte im Zug der Landzusammenlegung der Jahre 1956 - 1963. Diese Drainagen wurden im Jahr 1999 gründlich instandgestellt und soweit nötig erneuert.